정부과제와 기관부담개발비, 부가세

기관부담개발비는 R&D 정부과제를 수행하는 기업에게 필수라고 할 수 있다.

기관부담연구개발비는 정부과제에서 연구개발기관이 부담하는 연구개발비로 현금과 현물로 부담하는 비용을 말한다.

기관부담 연구개발비 산정은 국가연구개발혁신법 제13조의 1, ‘연구개발과제의 연구개발비는 정부가 지원하는 연구개발비와 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구개발기관이 부담하는 연구개발비를 포함하여 산정한다.“라고 규정되어 있는 곳에서 기인한다.

여기서 민간부담금은 달리 기관부담연구개발비 또는 자부담금 정도로 지칭되기도 한다.

또 이와는 별개로 R&D 과제를 수행하는 기업이 지출해야 되는 금액에는 부가세도 포함된다.

이번에는 기관부담 연구개발비와 부가세, 정부과제의 관계에 대해 살펴보자.

1) 기관부담연구개발비의 구성

많은 기업에서는 과제를 처음 준비할 때, 기관부담 연구개발비를 말 그대로 ‘부담’스러워 하기도 한다.

하지만 그럴 필요가 없는 게 어차피 우리 기업에서 연구개발비나 인건비로 모두 사용할 수 있는 비용이기 때문이다.

많은 정부과제에서의 기관부담금은 대부분 현물이 현금에 비해 많은 것이 일반적이다.

이 경우 다양한 방법으로 현물을 처리할 수 있기 때문에, 소액의 현금만을 기관부담금으로 납부하기 때문에 부담은 더욱 줄어든다.

일반적으로 R&D 과제의 연구비는 ‘정부지원 연구개발비’와 ‘기관부담 연구개발비’로 구성되는 경우가 많다.

정부지원 연구개발비가 확정되면, 기업의 규모나 과제의 목적에 따라 기관에서 지출해야 하는 기관부담 연구개발비가 정해지는 형태다.

예를 들어 2024년 중소기업혁신기술개발사업의 경우는 전체 연구비의 75%는 정부지원 연구개발비로 25%는 기관부담 연구개발비로 구성하는 식이다.

기관부담 연구개발비는 또 현금과 현물로 나뉘어 현금은 전체 기관부담금의 10%, 현물은 90%로 구성되는 형태로 구성된다.

이와 같은 구성은 기업의 부담을 덜어주기 위해 현금을 적게 책정하는 것이다.

앞서 정리한 ‘과제예산, 현금과 현물의 차이’에서 기관부담 연구개발비를 어떻게 사용하는 것이 유리한지에 대해 정리했었다.

정리한 바와 같이 현금의 경우에는 일반적인 연구비로, 현물의 경우에는 인건비로 사용하면 증빙 등에 대한 처리가 매우 유리할 것이다.

물론 필요에 따라 다른 용도로도 충분히 사용할 수는 있다.

2) 정부과제와 부가세

대부분의 정부과제, 혹은 모든 R&D과제에서 부가세는 연구개발비와는 별도로 취급한다.

예를 들어 정부과제비가 100만원일 경우, 이 과제에서는 최대 10만원의 부가세가 발생할 수 있고 이는 기업에서 부담해야 된다는 뜻이다.

예시와 같이 적은 금액의 정부과제라면 고려할 필요가 없기도 하지만, 만약 억 단위의 과제를 수행한다면 지출해야 하는 부가세 역시 함께 커질 것이다.

예를 들어 1.2억의 정부과제라면 1200만원(실제 7~9백만원), 5억의 정부과제라면 최대 5천만원(실제 3~4천만원)정도의 부가세도 고려해야 한다.

실질적으로 정부과제에 투입되는 현금이 늘어난다는 뜻이기도 하다.

부가세에 대한 고려 없이 R&D과제를 수행하는 경우, 부가세의 지출 방식에 대해 난감해 하는 경우가 많다.

원칙상 정부과제비 사용은 공급액과 부가세액을 별도로 지출하도록 한다.

공급가액은 정부과제비에서, 부가세액은 기업의 자체 통장에서 지급하는 형태다.

RCMS나 이지바로와 같은 정부과제비 관리 사이트를 이용하는 경우, 이와 같은 불편한 지급액을 해결하기 위해 편법을 이용하기도 한다.

한 번에 공급가액과 부가세액을 정부과제비로 지출하고, 후에 부가세액을 정부과제비 관리 사이트에 환급하는 방식이다.

이와 같은 정부과제비 관리 사이트를 활용하는 경우에는 과제카드를 통한 소액의 구매에서도 부가세 처리가 쉬운 편이지만, 관리 사이트 없이 수행하는 지자체 과제 등에서는 이런 편법을 사용할 수 없어 불편할 수 있다.

우리 기업과 과제를 수행하다 보면 많은 기업과 연구원들이 이와 같은 질문을 한다.

“대체 왜 부가세를 별도로 처리해야 하나요?” 혹은 “민간부담금을 냈는데, 부가세를 또 내야 하나요?”

이에는 크게 두 가지 의견이 있다.

일반적으로 R&D 과제에서 재화 또는 용역을 구입하는 경우, 부가가치세법에 따라 정부출연금이 포함되어 있는지의 여부와는 무관하게 매입세액공제가 가능하다.

좀 더 쉽게 말하자면, 우리 기업에서 지출한 부가세는 환급이 가능한 세액으로 매출보다 매입이 많다면 기업에서 돌려받을 수 있는 금액이라는 뜻이다.

만약 이를 정부에서 부가세까지 지원한다면, 정부지원금과 더불어 추후 부가세를 통한 2차 환급까지 중복 지원을 하는 것과 같다.

또 다른 것으로는 다음과 같은 주장이다.

“부가세가 세금이라 정부에서 지원해주면 다시 돌려받아야 하는데, 굳이 왜 지원하지?”라는 주장이다.

뭐, 선택은 우리 기업에서 편하신 쪽으로 하셔도 된다.

대부분의 R&D과제에서 기관부담연구개발비와 부가세 지출은 어차피 피할 수 없다.

그럴 때는 이렇게 생각하면 좀 편할 수 있다.

기관부담연구개발비는 어차피 우리 기업에서 다시 사용할 비용.

부가세 지출은 추후에 환급 받으면 되는 비용.

초기에 지출하고 나중에 돌려받을 것으로 생각하면 좋겠다는 뜻이다.